| １９８８年 | １０月 | 淀橋教会韓国部(現ヨハン東京キリスト教会/韓国部)設立 |
| １９９５年 | ７月 | 早稲田ゼミナールの建物に移転 |
| ９月 | 日本人部設立(現ヨハン東京キリスト教会/日本部) | |
| １９９８年 | ８月 | 三信ビルに宣教センター移転(主日礼拝は早稲田ゼミナール地下) |
| １９９９年 | １２月 | 現在の聖殿に移転 |
| ２０１４年 | ８月 | 金圭東牧師 堂会長辞任 |
| ９月 | 沈昌炫牧師 ヨハン東京/早稲田/Chinese教会臨時堂会長として赴任 | |
| ２０１５年 | ２月 | 沈昌炫牧師 ヨハン東京/早稲田/Chinese教会担任牧師として赴任 |
| ２０１６年 | １月 ７月 | 松原信幸副牧師 赴任 洪石杓担任牧師 赴任 |
| ２０１７年 | １月 | 沈昌炫牧師 札幌グローリアチャーチ 派遣 |
| ２０２１年 | １月 | 堀江佳奈副牧師 ヨハン東京キリスト教会/日本部に赴任 |
| ２月 | ヨハン早稲田キリスト教会からヨハン東京キリスト教会/日本部へと名称の変更 | |
| ４月 | 松原信幸 副牧師 オリーブハウスチャーチ 派遣 | |
| ２０２３年 | １２月 | 洪石杓担任牧師 辞任 |
